EVA最后是不是所有人的灵魂都重新回到了每个人的身体里,没死?

首先恭喜LZ可以把EVA理解到这种程度。
在《真心为你》的结局中，人类最后确实是全都死了。剧中出现了许多绿色的十字架不知LZ还记不记得。EVA的伟大之处就是它完美地结合了圣经。在圣经中，耶酥在十字架上被一个叫朗基努斯的士兵刺死。在耶酥死后的第三天，他复活了。来拯救受难中的人类，相当与使人类重获得美好的新生。所以从某中意义上看，十字架也有重生的含义。EVA剧场版《真心为你》中的绿色十字架正取了这个含义。LZ说的唯对真治说的话也就是指的这个含义。最后，人类因真治而全部死亡，只有明日香活了下来。真治崩溃了。回想起以往与明日香的过结，他想把明日香也杀死，所以他会去掐明日香。但明日香却抚慰了真治的心灵（摸了他的脸）。作为新的亚当与夏娃，明日香代表了人类，她对真治的抚慰既说明了人类想要继续存在（明日香死了的话人类就真的不会再重生了），也暗示了人类的宽容心。

全体灭亡,这是教主的愿望,也的确实现了.心之壁破碎后的人类成为了LCL之海的海水.明日香和真嗣成为了新的亚当和夏娃,这是剧场版的结局.真嗣的任性,使空前的人类补完计划基本泡汤~~~~ALL RETURNS TO NOTHING~~
“所有生命都有回归他们原有形态的能力，……都有继续活下去的决心。”这句话,感觉你理解的有问题...什么才是原有形态呢?谁也没说存在心之壁才是原有形态,我想,大概化为一体才是原有形态,变成LCL海的海水也许是另一种存在形式

有人认为THE END OF EVANGELION的结局是人类全灭，其实是人类失去了肉体，失去了相互之间的隔阂以精神的形式继续存在下去，也就是精神上的补完。在这一点上，TV版的结局也是如此，第25、26 话的心理分析可以说就是象征了（其实就是）心灵的补完。由此也可以看出SEELE 可以放弃人类肉体而使人类进化到精神世界的行为证明了他们意识第一的观念。同时也就是本片的思想基础——人的思想是最重要的，EVA的意义就是要给人的心灵一种补完的感觉

你能告诉我“死”的意义是什么吗？
是肉体的腐烂？
还是灵魂的消逝?
当你想好了死的意义，
你就找到了答案……