Frankly speaking ,what you call the truth may not apply to things happing here

说实在的，你所谓的真相也许不是指这里发生的事情。
what在这里作的是一个主语的成分，你可以把它等同于the thing that来理解。那么就是
The thing that you call the truth may not apply to things happening here.
the thing that显然是主语，只能用what 代替。