运输公司的发票，有备注税率6．6％，请问6．6％是什么意思？抵扣时是按6．6％还是7％去抵扣呢．

6.6%是收款方交纳的税率,与付款方没有关系.
付款方应该抵扣的,目前只能是7%。
注意，不一定是发票总金额。不包含发票年上的其他费用。其他费用为零时，才是总金额。
你应该拿到税务机关去认证，以认证通过的金额为准。

这个和你没有关系的
你收到运费发票，就按照发票总金额的7%抵扣