我帮辞职的同事（朋友）开支，公司说我是诈骗有道理吗？

按法律来说也不能算是过分，如果你能提供证明证明你给你朋友开的那钱确实是他应该得的工资的话，你承担不了法律责任，不过公司可以 以你失职或乱用职权处分开除你。
你需要准备你同事的工作证明（就是证明他以前在那个公司上班）和工资证明（到他离职的时候公司给他发了多少工资，还欠他多少工资，你私自发给他的工资是否与公司欠他的工资相等）~~这样你的行为就构成不了诈骗罪了~

随便建议你几点：跟公司好好协商协商，争取协商解决。
为什么你要私自发给他工资呢？他是你好朋友，你也应该让他去找老板签个字在发哈~你应该吸取这个教训的~

有，因为你没有有关证件证明，就算有证明也要你的朋友签名按手印，还要先跟公司说明。