仙剑三中

女娲本是有宿命的，她怕她的宿命一旦到来，就无法和爱人共处，所以就用水灵珠修炼。
因为水灵珠早与她自己本身结合了，她就是水灵珠的化身一样，她已融入水灵珠中了，如过失去水灵珠就是失去自己的身体，与能量，所以必须因为锁妖塔中的妖怪不跑出来危害人间，只好牺牲自己，幻化为水灵珠去封印锁妖塔。（锁妖塔需要五灵珠来镇住，其他的都归位了，只有水灵珠没有！）

因为结局不同

紫萱体内有水灵珠是因为她用它修炼保持不老
大概她已经觉得不管怎样和长卿都不可能了吧，所以选择了个悲剧的结局

因为紫萱把水灵珠作为内丹进行修炼，想要打破女娲族世世代代牺牲的宿命，所以水灵珠在她体内。
楼主你也应该知道，妖怪失去内丹就等于失去修为（虽然紫萱是神族分支女娲族），但是道理也是一样的，取出水灵珠的话，她就等于失去了大半的力量，说不定会翘掉，那就无法打破宿命了。
紫萱与水灵珠已经可以算作融合状态了，她本人即是水灵珠，保住镇妖塔需要五颗灵珠，所以就必须牺牲自己了。

这是游戏的设计啊!!!!!!!!!!!!!!要能和你说的一样游戏还怎么玩

取出水灵珠之后，还得用灵力来发动。用尽灵力了，竭力而死吧……因该是这样