U盘里有两个相同的文件夹，其中一个是隐藏文件夹，查还查不出毒,注意是两个相同的文件夹不是文件，

首先显示出所有的隐藏文件，包括隐藏的受保护的操作系统文件，看看里面都有什么东西，打开U盘的时候用右键-资源管理器 打开
U盘病毒其实你很容易处理，把有用的东西拷出来，然后格式化就行了，养成一个好习惯不要让U盘自动运行，具体方法是插入U盘的时候按住shift，或者通过其他软件办到，或者禁用系统里面的光盘U盘自动运行
如果你的U盘已经感染过病毒并且在电脑上双击打开了，那么建议你格式化U盘以后再重做下系统，没有发现哪个杀毒或者专杀能够彻底的清除U盘病毒，杀完以后造成硬盘分区不能双击打开的很多，没有一定经验处理起来比较麻烦

不知道你说那两个文件夹能不能打开，我习惯不选择“隐藏已知文件类型的扩展名”，会不会你看到的只是你的程序的图标

很明显中毒了，格式化就行了