基德的爸爸是不是被黑暗组织杀死的？黑暗组织是干吗的？

没有

只是失踪了

基德也在追查

黑暗组织，或者被称为黑衣组织、组织（原文:黒の组织），柯南称其为“乌鸦军团”，是《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的犯罪组织。主角工藤新一因为看到了组织与他人的非法交易而遭下毒变小为柯南。

实际上，这个组织的真实名称一直是一个谜，在片中往往以"黑组织"、"组织"代称。组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定的是组织的势力遍布日本和西方国家，并且有雄厚的产业。此外，组织一直在研制某种让人致死的剧毒药物(似乎是APTX4869，但由于研究未完成，出现了使人返老还童的效果)并且从事某种"使时光倒流"的技术(灰原哀语)。组织的成立时间不少于半个世纪(单行本19卷 FILe9 被狙击的球 TV130 竞技场无差别胁迫事件(上集)。组织里的颜色是黑色，所有的人都穿这个颜色的衣服。组织里的人员的代号全部是酒名。

完整资料看这里
http://baike.baidu.com/view/26576.htm

基德的爸爸只是诈死，其实是暗中调查黑暗组织。

黑暗组织是做犯法的事的

不清楚。。。不顾肯定不是做好是

从现有证据看，灰原是aptx药剂的直接负责人，并且在这个药剂上拥有很高的处分权，因此任何组织内的相关实验必然会经过她，而灰原目前没有证据显示她知道贝尔摩的的情况。
而且aptx在第一集已经被定性为“毒药”了，即便是灰原自己服用的时候，也是抱着自杀的心态服食的，从gin这种高层都对药性一无所知来看，贝尔摩的通过aptx延缓衰老的可能性不大。
但是，我们也可以推断，她延缓衰老的事实必定和“组织半个世纪以来的计划”有关系，而这所谓的计划，基本可以肯定，就是三点--延缓衰老，返老还童，起死回生。
从组织还吸收化学家以外的各种非犯罪人才（比如电脑天才）来看，aptx可能并不是唯一的途径，换言之，贝尔摩的应该是通