国家文件和地方文件发生冲突怎么执行?

《立法法》第八十二条、第八十六条对此作出了规定：
第八十二条　部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间具有同等效力，在各自的权限范围内施行。
　第八十六条　地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：
......　　
　　（三）部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时，由国务院裁决。

现在当然执行交通部2005年文件啦
一是恩施州政府文件在前，交通部文件在后，后法生效，前法就要失去效力啊（这两者都是行政法规）
二是恩施州政府文件是下位法，交通部文件是上位法，下位法服从上位法，二者冲突时选择上位法。

不一定，因为部门规章（交通部指定）和地方性法规（恩施州政府）效力等级是相同的。
发生冲突的时候，要请国务院裁决，如果国务院认为适用地方性法规，就适用地方性法规；如果国务院认为应该适用部门规章，要报全国人大常委会裁决。

此时以地方的法律为准，因为地方法律是在国家法律的前提下结合本地方的具体情况制定的，所以，应该以地方法律为主，兼采国家法律。

一切应该以国家为准
不遵从的 可以上报

依据上位法优于下位法原理