我的南京江宁农村户口99年迁出到南京雨花区变为城镇户口，我现在想再迁回原籍，该怎么办呢？

你先到你原来村委会或者派出所问问，看看是不是允许你迁回去。如果同意就去雨花区办理迁出单。
ps:现在农村户口反而好了，有医保还有补贴什么的，呵呵

很难，因为“原则上不办理非转农”的户口迁移，多找找人吧。