为什么日语里有些相同的词读出来却不一样呢？

NISAN 的写法是：兄さん（にいさん或あにさん）
ANIKI 的写法是：兄（あに）
还是不一样的，兄さん的话にいさん的读音比较普遍，你听到的就是那个

虽然意思差不多但是是不同的词，
就比如汉语的：
哥哥，老大，兄长 等等一样。
NISAN:哥哥
ANIKI:大哥，老大

ni-san にいさん 兄さん 比较尊敬恭谨的『哥哥』，具体要看语气。
aniki あにき 兄贵 比上面的显得亲切一些，敬意基本相同。

注意二者都有称呼他人的用途，不一定就表示是有血缘关系的兄长。比如『那位小哥，……』『这位仁兄，……』等等，看语言环境。这一点中文也是一样的。

NISAN 的用法多在年轻人中比较亲昵随便的喊哥哥的时候。
翻译可作：哥，
ANIKI 的用法多是比较年长的人们或是比较传统、郑重的使用场合。
翻译出来:兄台，仁兄，兄长

aniki是老大的意思，黑社会的叫老大也叫aniki

如果非要翻译成中文就是哥哥同老大/大哥两个单词了

日语中的汉字，分为音读和训读，音读是比较像中文的读音，训读就是纯日语发音了。