签就业协议的单位和签合同的单位不是同一个单位那怎么办呢

你说什么怎么办？
就业协议是用来拿报到证的，有了报到证可以落户、调档案。而合同是保证你在工作时能从单位拿到工资以及必要的福利。两者没有必然的联系。你可以用就业协议去落户和掉档案。如果两家单位是一个市的，没有什么大的关系。因为你的档案和户口都会在同一个地方，就是当地的人才市场。如果两家单位不在一个市，那就看你想把户口和档案放在哪了。想放在签合同的那家单位，就去单位开个接收函，去签协议的人才市场把档案调出来。要是就想把档案和户口放在签协议的地方，那就不用开什么证明了，只是到时想迁户口时去人才市场，人家会向你要托管费，一年100多的样子。

签了就业协议的是正式工作，可以调动你的档案和户口的。只签合同的都是打工而已，不一定管你档案。