还能在贷款吗

可以，不过不知道你要抵押的这个商铺之前贷过款没有，由于是商铺，能贷的比例少于5成，并且评估价银行出于风险考虑也会评的较低，不知道能不能满足你首付的需要。这个抵押并不影响你新房进行公积金贷款，如果你是纯公积金贷款，那与商业贷款无关，公积金贷款利率是固定的。不过你的商铺只能是商业贷款，而且有可能上浮利率，这个要看你贷款的银行给你做的评定了。