我的公司是一家私人公司，可银行存款就三个帐户，老板，老板娘，公司，请问我该怎么设银行存款科目？

银行存款账上只设公司账户,老板、老板娘账户的款算在现金里。

没明白你这是啥意思，公司开户只能以公司的名义开户，怎么还有老板，老板娘的名字呢。就像一楼说的，有的话也只能是现金，你就借现金，贷应收账款呗。

这个工作你实在想干就自己再设三本银行存款流水账，仅供私下使用。就直接列二级账户，公司、老板、老板娘。谁把进账单给你就记在谁的头上。
对外的银行存款账不要这那两个私人写上，就合并了记公司账户上。