上海话拼音输入法和普通话拼音有区别吗？

当然有区别。普通话和上海话是两种语言嘛，汉字读音、词汇、语法都有差别，尤其是语音，因为普通话和古汉语差距太大，而上海话又保留了很多古汉语特征。

举几个例子：
普通话里没有汉语的浊音，所以汉语拼音里用浊音符号例如b、d、g来表示不送气清音，而用p、t、k来表示送气清音。上海话既有不送气清音、送气清音也有浊音，所以有三套对立声母。钱乃荣教授的输入法用bh、dh、gh来表示浊音。比如“德”dek，“脱”tek，“特”dhek。

普通话只有汉语四声“平”、“上”、“去”、“入”中的三声，没有入声（普通话拼音把平声拆成两个音调——第一声、第二声，也算凑了四声）。上海话拼音用-k后缀来表示入声韵尾。比如“一”字是入声字拼作yik，“国”字拼作gok。

上海话还有很多普通话没有的声母比如后鼻音声母ng，韵母oe等等。