分子势能的正负表示什么

avril24709说的对；

零势能参考点（面）是人为任意选取的，就像数轴要规定一个原点一样；
习惯上，为了方便讨论，选取“源分子”的无穷远处为分子势能的零势能参考点（面）；
参考点（面）只是为了定量衡量势能大小而人为选定的一个计量势能的“零标准”，势能比我们定的这个“标准”小的时候即为负，反之为正；
这就好比我们称东西，我们可以自己规定一个标准，把一个鸡蛋的重量定为一斤，好了，现在我们就可以用我们定的这个标准来称量东西了，重量是我们标准的几倍，我们就说它有几斤，重量是我们标准的几分之几，我们就说它有多少多少两，就是这个道理。

类似的问题，我还发过一帖，你可以看下：
http://zhidao.baidu.com/question/69151654.html

分子势能是以分子间吸引力和排斥力的平衡点为参考点，并且设该点分子势能为零，所以从该点向远离另一分子的方向运动时，分子间作用力做正功，也就是分子势能转化为其他能量，所以分子势能减少变成小于零

势能就是位能
和位置有关
就是和约定的零势能面有关
低于它的称之为负