外国人登录证明书番号是不是护照号？

不是。
外国人到了日本，如果居住3个月以上要到市政府登记，这就是所谓外国人登录。
然后给你发一个登录卡。上面有登录号码。
所以首次入国以及3个月以内短期滞在（商务，旅游等）是没有外国人登录证明番号的。

shi