电脑开机很慢，而且要磁盘扫描很久才能进入系统是怎么回事？

可能是硬盘的分区表遭到破坏，需要重新做系统；
另外，挂两个硬盘，对主机电源的+12V电源有很苛刻的要求，不知楼主的主机电源是否大于300W；如果+12V电源电压降低，硬盘的转速将会降低，读取数据时会出现故障，硬盘灯长亮或狂闪，硬盘甚至会出现异响，因此必须使用300W以上的主机电源才能胜任大硬盘（或双硬盘）、大内存的需求，这一点楼主要充分考虑到。

是系统的磁盘检查程序chkdsk运行造成的。只要你对系统盘进行差错并自动修复或者硬盘出现故障时就会出现这种情况。
file record segment 1538 is unreadable
file record segment XXXX is unreadable
的意思是“文件记录段1538 是不能读的”
典型的硬盘故障前兆，建议立刻备份个人资料，图中没有看到此信息是那个分区检查出来的，但就从你叙述的情况看，应该是系统盘。
处理方法：
1、备份个人资料后，格式化该分区，建议不要用快格，可以修复大部分逻辑坏道。如果情况依旧
2、用“效率源”或“MHDD”检测系统是否有坏道,并用HDDREG或MHDD进行修复!效率源对逻辑坏道效果不错，MHDD对物理坏道已有一定用处。（个人使用后感觉）具体使用说明可搜索。
3、你是两块硬盘，可以将另外一块硬盘设置为主盘，转移资料后安装系统，将故障硬盘分区屏蔽后使用（如果分区不大的话），或者将故障分区只作为存放一般资料使用。

看看是不是内存有问题,用MEMTEST测一下,估计出错率很高了
硬盘有坏道也有可能的,用磁盘检测测一下,有的话,就把坏的地方先隔离起来,但这块盘就不要再存放重要数据了

硬盘问题。。。

把用到的数据导出来，格盘，再分区装系统。。。

如果你会PE的话那更好，删除每个硬盘多出的怪异文件，然后格C盘 从装系统。。

祝你好运

非正常关机造成的硬盘坏道。
初步估计坏道在系统盘，
去下个分区软件比如魔术分区，
把坏道从系统盘隔离出去就OK了。