管理员删除过的问题是不是就真的没有了

不是，我的一个朋友提了一个200分问题，被删除后他到“百度知道投诉吧”里去投诉，和管理员据理力争，最后管理员又把那个问题恢复了。
这就说明问题被删后，管理员还是能够恢复的，只是普通用户找不到了。

管理员删除的一般就是彻底的删除，不会存有多余数据

是的。