杜甫的“怀锦水居止”与杜甫草堂的重大矛盾！

我根据你的提示，也查了些资料。
我的理解如下：
1.笔误。因为唐朝时候，印刷不是很普及。大部分的诗词版本都是靠手抄传世的。杜甫当年的草堂已经不存在了，晚唐著名诗人、晚年任前蜀国宰相的韦庄，为了表示对前辈诗人的崇敬，最先在杜甫草堂原址上重结茅屋。宋代又重建茅屋，明清时期又不断重修，规模不断扩大，建筑也不断增加。所以，草堂里的这些诗词都是后人题挂的，也许就是因为传抄有误，流传了不少版本。

2.当时也有流传杜甫草堂有两座，虽然据考据只有一座，可这种误导有可能就造成了草堂地点的偏差。

3.也有可能，万里桥是东西向的，草堂位于西南角，站桥栏上往南，可以说，它在万里桥南。往西边桥头望去，也可以说它在万里桥西。而百花潭是位于南部，所以草堂就在百花潭的上方，也就是北部了。草堂也是位于浣花溪的西部，浣花溪就在东部，万里桥就可能是在浣花溪上的桥了。画个简易地图就比较直观点了。

4.万里桥已经湮灭了，所以也无从考据。根据所处的方位和看草堂的角度不一样，故而衍生出几种说法。它也只说是在西或南，这就很好联想到角度问题了。而如果误会是西东，或南北，就比较离谱些了。毕竟杜甫也只写了一首《怀锦水居止》来说明草堂的方位。而“万里桥西一草堂”就是后人题写的。后人的角度和杜甫的角度不同，而且草堂也经过那么多次重建，百花潭也缩小了不少，很有可能就是后来的草堂在方位上有点西移。让后人更加感觉是桥西了。

这是我查了不少资料后总结的。呵呵

是在万里桥西