所有物质都由分子组成

物理是从宏观上看世界。
化学从是微观上看世界。

宏观上，可以说物体都是由分子组成的。
微观上，分子又是由原子构成的。

这只是一个分界线的问题，两种说法在各自领域都是正确的。

离子化合物由离子组成

有些是由原子直接组成的

当然有，比如有些金属，如金，银，铜等，它们就是由原子构成的。

有些是原子组成,有些是离子组成,化学和物理的区别

比如金属就是由原子组成的
物理中的分子和化学中的分子概念不同
物理中的分子包括化学中的原子 分子 离子
明白了？