毕业时要把档案户口寄海峡，也已收到报道证、常住人口登记卡跟人事代理协议书。现想迁回原籍，怎么办。

理论上的方式和你操作的方式一样,要敲到签协议书的单位的章然后才可以办理其他相关手续.
最快的方式,以协议书丢失的理由到学校办理改派然后发新的协议书(几十块钱),然后就可以去想去的单位和相应的人才市场办理相关手续了.
你这种情况很多的不用担心,难点只有一个就是学校同不同意改派,好的方法是找班主任帮帮忙或者和责任老师好好说说."烂"方法是去学校闹:) ,怎么闹就要看你脸皮的厚薄程度了......

这个问题最好去咨询你毕业的学校，按北京这边的规定，没有原单位的退函肯定是不能办理改派的，也就是不能直接把户口和档案迁回原籍。
理论上讲正常途径也只能这么办。