The naughty boy hid away for two days before he was discovered.

这里 hid away/ had hid away 都可以用 ，因为before后面for two days 是一段时间,所以可以用had hid away.不过这里要看你要强调什么,如果强调他在被找到前躲藏的时间长短,就用had hid away,如果只是描述过去发生的一件事,就用hid away就可以了.

就用一般过去时态

因为后面是before.....

可以用had hid away ，个人认为更好点，因为后面是for two days,是一段时间。其实加不加都无所谓。