微星945GZM3主板手册说PCI-E Lite支持的显卡有限？是否？

是。
本身945GZ芯片组是没有PCI-E X16显卡插槽的，但是主板生产厂商利用4条PCI-E 1X的带宽设计了一条X16的显卡槽，所以支持的PCI-E显卡最大带宽只可能达到X4的水平，达不到X16的水平，因此这类的插槽不要用太好的显卡就行了，再好也发挥不了全部的性能。

PCI-E是16X.应该支持pci-e接口的全部接口的显卡！