运输发票抵扣了销项税，是不是就不应该抵扣应纳税所得？

对。
比如说，1000元的运费，抵扣销项70元（1000×7%）。
那在计算应纳税所得额可以扣除的就只有930元；那70元就不能再重复扣除了。

除去抵扣的部分剩下的计入费用，税前扣除

运输发票总金额中扣除进项税额的部分，可以抵扣应纳税所得额；进项税额部分不能抵扣应纳税所得。

如：取得满足抵扣条件的运输发票，总金额1000元
借：销售费用——运输费 930元
借：应交税费——应交增值税（进项税额） 70元
贷：银行存款 1000元

其中，销售费用930元可作为应纳税所得的扣减项，应交税费增值税进项税额部分70元与损益表项目无关，不可以抵扣应纳税所得。