与朋友合伙开设他的分公司，如何确立股份？

我一个朋友注册公司开了一家店铺，经营状况很好。最近他主动提出和我合伙再开一家分店，新开分店以他注册公司分公司的名义进行经营。
目前的情况是我只与他签订了一份5年期限的“合伙协议”，协议明确了双方在分店的出资比例、利润分配以及对分公司的管理分工等内容，由他担任分公司的总经理和法人代表，我担任分公司的副总经理和负责人。
签订上述“合伙协议”的原意是想达到这个目的即“我们对新开的分店合伙经营，对分店按照合伙协议的比例占有股份”，不知道这从法律上讲这样是否行得通？我的疑虑是我对分店的股权关系仅通这份“合伙协议”能否得到保障？
因为根据公司法内容，分公司隶属于总公司并没有独立法人资格，其税收和利润均需与总公司一同核算。我在公司注册时的章程中并不是股东之一，而且在分公司注册时也没有修改公司章程把我加入股东名单。这样的情形，如果日后万一发生纠纷（虽然朋友之间都不希望这样的事情出现）或者5年之后的“合伙协议”过期了，会对我造成多大的风险？

烦请懂行的法律界高手指点迷津，本人不胜感激！
BOW !!!!!
谢谢您的解答！
我的资金已经投入，按您所说的我现在应该尽快去要求总公司将我的投资纳入总公司在工商局备案的股权登记表中了。谢谢

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