测序70bp左右老是出现类似酒精峰的大峰,导致信号较弱，请问怎么回事，是纯化不好吗，

大峰就是酒精峰
在70左右出现是正常的
原因是由于纯化的酒精没有挥发干净
一般测序都是用酒精醋酸钠纯化的
离心的时候一开始是3000RPM把PCR产物离到管底
看好是RPM，不是G
然后拿出来轻甩两下
将96孔板倒扣在摇篮上
当离心机达到275（最多300）RPM的时候迅速STOP
而且加速度调到4或者5（平时都是9）
这样转速是缓慢上去的
否则转速一下上去都来不及反应
最后在干燥机里至少干燥40分钟以上

注意就是甩的时候不要太用力
三四下就行
倒扣的时候转速一达到275立马就要停
不然PCR产物全出来了
最后就是干燥的时间稍长一点

我们用的是BECKMAN的离心机和3700XL测序仪
有的时候也会有这种情况

测序一边前10—100个bp都会有杂乱，和测序机有关系，和纯化关系不大

测序前后的两端的信号都很乱的,用不了的.看测序仪的好坏,200多bp都有可能.
如果是在序列中间,正常波峰突然变弱的话,有可能是连续一段C或G,GC过高~