关于增值税专用发票红冲的问题

我觉得主要责任在你，毕竟发票是在你手里压着过了认证期。
对方付了5吨的款，你开了5吨的发票，应该是钱货两清，说明购销行为已经完成。对方没有将其余的3吨货拉走，只能说这3吨货是暂存在你处。你没有及时将发票交给对方，负主要责任；对方付了款不索要发票负次要责任。

对方要求退还3吨货物的款项，应该是属于退货行为，退货也要去税务局办理手续，是填写一张退货证明单，依据这张退货证明单你可以开具一份销项负数票，但是金额只能是3吨的金额。

至于原来那张票，你在开票的当月已经作为销售入帐了，记帐联肯定在你手里。如果说丢失了抵扣联和发票联，可以到税务局办理丢失发票手续，在90天认证期内，对方可以拿你的记帐联去认证，并且对方可以以记帐联的复印件作为购买凭证入帐,即使了90天对方也可以当普通发票入帐.办理丢失证明并不能解决这个问题。

原来这张5吨的发票只能让对方作为普通发票入帐了。接下来的事情应该是到税务局办理退货手续，并且由于原来那张发票没有认证，退货开具的红字票对方也不能认证。对方开始也许不接收原来那张过期发票,你可以给对方讲明白,只有接收原来的发票才能办退货,才能拿到退货的钱.
当然如果你有其他途径或关系或理由搞到能直接冲红原来5吨发票的证明单,一切都会变得简单.

《关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）
因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。

文件规定是“在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单”，你的时间隔得是长了一点，只有依据这一条找找税务看是否可以融通解决。

1,此事双方都有责任,收货方自己买了东西不要票据,销货方应据实开票,不应口头协议
2,已经过了90天,税务局确实不会管,销货方只能当销售处理,不过,可以到税务局开张发票丢失证明,以此作为购货方购买人证证明(根据你的情况可以先开这个证明,然后在以后销售给对方货物时