工程款账务处理

没有发票的,你们要先通过预付账款来中转的.

等最后工程决算了以后,才能确认整个工程的成本到底是多少.

不可以。支付工程预付款和进度款时，没有发票只能记在往来账里。
这涉及到：
1.计算所得税时费用税前扣除：没有发票能税前扣除吗？在建工程虽然最后转入固定资产，但固定资产摊销折旧，按照税法是可以作为费用在税前扣除
2.有帮助对方逃税嫌疑

如果以后对方发票来了，你可以记哪里？

二楼sui1024说的非常明白了。

作为一个财务，请永远记住：入账的依据（与税有关的费用、成本）只有符合税法规定的发票。除此，是没有什么捷径的。