二级域名是不是独立域名？

可以说，不是。从一个域名的使用角度来说，二级域名不是独立域名，因为，二级域名(子域名)始终受到其父域名的影响。

其实不用关闭未备案的网站，你可以一边申请备案，一边继续运作你的网站，没有影响。直到你申请了备案，再把备案序号加入网站就是了。