多序列比对采用Clustal X软件不会使用？

它的输入文件要求是fasta格式的例如比较下面两个蛋白，首先写成下面的洋子，然后存成文本 文件保存即可：
>Q9LTB8
MGCFHSTAAREFPDHENPKLASETAFSSEEALYELFKSISSSDDGLINKEEFQLA
LFKNRKKENLFANRIFDLFDKRKGIDFGDFRSLNFHPNASLEEKTDFTFRLYDMDC
TGFIERQEKQMLIALLCESEMKLADDTIEMILDQTFEDADDRDGKIDKTEWSNFIKN
PSLLKIMTLPYLRDITTTFPSFFNSEDEIAT
>O81445
MGCFHSKAAKEFRGHEDPKLASETAFSSEEALFELFKSISSSDDGLINKEEFQLA
LFKSRKRENIFANRIFDMFDKRKGIDFGDFRSLNFHPNASLEDKIDFTFRLYDMDC
TGYIERQEKQMLIALLCESEMKLADETIEIILDKTFEDADNQDGKIDKLEWSDFNKN
PSLLKIMTLPYLRDITTTFPSFFHSEDEIAT

在file选择load sequences，选择该文本文件
然后在alignment选择：“do completely alignment”
即可进行比对了。

然后处理的结果文件要安装treeview软件才能看的~

当然你也可以选择MEGA4.0软件能作进化树,更加简单方便