中科院研究生院物理科学学院是怎么回事

实际上是一回事，中科院的研究生培养模式号称“2段式”，第一年在研究生院本部，比如就是物理学院，进行为期一年的基础课程学习，之后进入各相关研究所，比如物理所，的课题组跟导师进行课题研究，完成paper。学位仍然由研究生院发放。研究所是研究机构只是完成研究生培养，你可以理解为研究所是研究生院的实验室，没有学位授予权。请参考。