用友部门档案编码总是提示不存在上级分类？什么原因？我该如何分类呢？

你没有说你的具体部门档案，只好举例说明一下比较明白：
01 财务部
02 法务部
03 销售部
0301 销售一部
0302 销售二部
04 生产部
0401 一车间
0402 二车间
.......
有了上级编码才能有下级，不可以直接有0401这种编码，不知这样能明白吗？还有要看你的编码是几位数，我这里举例是两位数，如果一级编码是3、4位的，一次类推。

一定是你的编码不符合规则了。

没有上级编码就直接编下一级编码了。