my favourite animal is lions. my favourite animal are lions.

第一个 谓语动词根据主语定单复 主语是animal 不是lion

第一个是正确的，谓语修饰的是主语，在这里做谓语的是be动词，他的主语是animal,因此用单数是正确的，和后面的狮子复数无关，
当然，你也可以理解为狮子是一个整体，他所表示的是同一个事物，因此用单数。
根据这个句子的意思，其实最舒服的用法是my favourite animal is lion.

我觉得都行，因为此时说我最喜欢的动物，并不是特定哪一只，而是一大类

我看都行。虽然语法上应该是后者对。

my favourite animal is lions.
主谓一致，当然是以主语为准看单复数

my favourite animal is lion
一类

is