二苯胺和戊糖反应为什么会出现棕色？

二苯胺是不和RNA反应的，它和DNA反应。原理是DNA在酸性条件下加热，其嘌呤碱与脱氧核糖间的糖苷键断裂，生成嘌呤碱、脱氧核糖和脱氧嘧啶核苷酸，而2-脱氧核糖在酸性环境中加热脱水生成ω-羟基-γ-酮基戊糖，与二苯胺试剂反应生成蓝色物质。
你说的这种情况可能是由于粗提的RNA中含有DNA或者其他去氧戊糖成分，另外，还有可能含有其他的杂糖，所以才会出现这种情况。