如果我公司的注册资本金为代理办照公司代付,办完照他们转出,我们如何做帐,他们用的是我们的基本帐户

那你只能记其他应收款了，等公司有业务收入后，多走些费用发票把这部分款补回来。如果你公司的收入不多，那会很麻烦，有可能不能通过工商年检。
具体会计处理：借：其他应收款
贷：银行存款
等有收入，基本户里有钱时，可以提现，然后需走发票报费用，再把这些钱及时存回银行，冲减其他应收款

没什么大问题，垫资就是这样的。