我以个人的名字跟一个公司签一份协议,但对方所签的不是企业法人代表,而是公司下一个员工,这协议有效吗?

要看该员工是不是公司法人的委托代理人，如果不是肯定你能告赢，该合同的主体都不是法人，肯定是无效的。

有两种情况有效，一是有企业公章，二是该签字员工有企业委托书，三是你能证明该员工是该公司职能部门（负责该协议内容）的负责人；否则无效。

要看这份协议的实质是否无效,无效合同自始无效，无效合同有以下几点：违反法律、行政法规约定条款；存在欺诈；当事人存在重大误解；合同订立人存在无权代理行为（楼主的合同可能会存在这种可能）；
另外，当合同约定违约赔偿数额大于标的金额的，超过部分无效。够全面了吧

貌似有公章就行吧