合同条款违背了规章由什么机构来撤销

1、合同条款只有违法法律、行政法规的强制性规定，才当然无效；
2、法律、行政法规、规章的关系，规章的效力低于法律、行政法规，所以仅仅违法规章的规定，并不必然导致合同无效；
3、合同（条款）无效是当然无效、自始自终均无效，不存在撤销的问题，而是由法院或 仲裁机构确认其无效。

不知道你说的什么规章，如果属于政府规章，法院可以撤销，合同条款如果违反政府规章，按合同法规定属于无效合同，法院必须给予撤销处理，如果法院不予否决，那么是什么规章呢，不会是企业内部的规章吧

法院不用撤销，直接不予适用就可以了。