商标注册申请表提交后……

首先，根据你描述的情况，我不是很明白。
但是根据我的经验可以给你如下两种判断：
1、如果你说的是申请阶段商品不能通过，那有可能是因为你的商品名称不规范，被国家商标局下补正，这种情况补证即可；
2、如果是在商标实质审查阶段商品不能通过，那么被驳回的商品不能通过，其余没有被驳回的商品可以注册成功。

可能会要求补正,也可能部分驳回,你问的问题不是很明确.

是全部不能通过;会整体驳回的。

不予通过 不能有争议