我与别人合资开了一家工厂，请问怎样正确的去管理财务进出呢？又怕太原则了会伤害我俩的合作关系。

是的。
和朋友合作生意应先小人后君子，否则后面必定发生纠纷，朋友都没法做。
应尽快理清账务，盘点固定资产、现金、银行存款、库存、应收账款，理清负债，确认无误后制定相应财务政策，定期查账，不能碍于情面。

最好找一会计，居中秉公，按套路来，这样也正规。

你自己的钱,当然要管了,你不管,任何再信任的人,在利益面前都是会变质的,你可以隔时间找会计看帐,这是很正常的.在钱面前当然要原则啦.