人体细胞中的基因只有3万多个，但人体的抗体却有百万多种，那么有限的基因是怎样控制这么多球蛋白生成的？

同一个体所有体细胞的遗传物质均相同，但是在不同的组织里细胞表达不同基因。
一个基因并不是只能转录翻译生成一种蛋白质，因为基因在翻译为mRNA过程中有一个剪切后拼接的过程，这样同样的DNA序列可以产生不同mRNA。从而产生不同蛋白质。
详细内容可以看一下《陈阅增普通生物学》或者其他的基础大学生物书

B细胞在分化过程中，其编码抗体可变区的基因发生重组。所以每个成熟B细胞的基因组都是不同的，和体细胞也不同。
你的问题可以参考“免疫学”教材。

蛋白质的多样性是因为氨基酸的种类 数目及排列顺序的不同