我从香港去澳门，回香港后最后回武汉，是否算两次去香港

你从哪去的香港？~ 这样应该是~~

我想你关心的不是次数，而是持赴港一次签证经香港去澳门后还能不能再回香港的问题。
参见香港特区《从中国内地来港人士的入境安排》：
11.有鉴上述人士于访港期间，或会顺道到邻近地区(如澳门*)或境外短暂观光(包括乘船往公海游覧)，为方便这些内地访客完成上述「附带行程」后需取道香港返回内地，本处有下列措施：
若旅客完成「附带行程」再抵港时的日期早于前次入境时获准留港的期限，而该旅客符合一般入境条件，本处人员将再次给予先前逗留期限，让该旅客入境(例如离境前所享逗留期限为五月八日，再抵港日为五月四日，旅客可获准入境逗留至五月八日)；
如旅客的再抵港日刚好为先前逗留期限的最后一天，而该旅客符合一般入境条件，本处人员将给予额外一天的逗留期限，以便其取道本港返回内地(以前述例子，如再抵港日为五月八日，一般将可获予逗留至五月九日)。
12.「附带行程」不限次数，但将以返回内地任何地区后结束。
*由二零零八年九月一日起，持有往来港澳通行证而没有赴澳签注的内地居民，澳门当局将不允许其经香港进入澳门。

如果你还没从武汉进入香港，那你可以在入关时顺便问一下海关就万无一失了。

只要在七天内从澳门返回香港就只算一次.