优盘杀了毒后，文件夹文件被隐藏了，可是杀毒软件杀毒时，可以看到文件还在

推荐 U盘专杀工具

http://www.duote.com/soft/10050.html

这个很好用的，在工具里面也有你说的修复显示隐藏文件及系统文件

这个容易解决。楼主可以在运行下输入CMD 然后在CMD下切换到你U盘下 比如：h: 然后输入attrib -h -s 文件名 再确定 就可以一个一个显示出来了。
或者楼主用AutoGuarder这个工具的修复功能也可以把隐藏文件显示出来

隐藏的内容都是些系统类的东西，最好别乱动也别去理它，只要能用管那么多干吗？

我也遇见过 如果没有重要的内容 最好格式化 我都是这样做的 自己也放心了