想把电动车放在汽车后备箱里从南京运到芜湖.请问在收费站会被扣车吗??

自己的车，装自己的东西,法律有限制车子里装什么东西吗?照这意思,手机也要带发票出来了.
收费站管不了这个，除非又是黑站,乱收费类型.这是高速交警的事,不过他也管不着私家车.
值得注意的是,电动车比较重,要充分固定好.不然高速上确实比较危险.

属于违章，千万不可以放在小车后备箱中运输，上不要说上高速了，只要上路抓到了就罚款抓

你有发票，可以排除你的盗抢嫌疑。
但是在后备箱上高速运输是违法的，要遭到交警处罚。即使你是面包车运输也是客货混装，也属于违法。建议给货运公司办理托运。

只要有正规的发票就没有关系

不会的，没听说过。收费站不管的，要管也是交通警察。