I want a pair of shoes.How much is it?

应该是都可以的
第一句it指代一双鞋 着重 一双 这个单数名词
第二句they指代一双鞋 着重 鞋 这个复数名词

how much is it/ IT 代表Price
how much are they? they 就是代表鞋子

如果是强调看作一个整体的话,用单数；

如果是看成2个单独的个体时,用复数

不过习惯性用is 比如问一条裤子的价钱也是is

are they 感觉要通顺许多

应该是I want a pair of shoes.How much is it?这里的中心词是pair,of shoes是用来 具体说明pair的

我想要这双鞋，他们多少钱？