小规模纳税人(商业企业)增值税和所得税问题?

纠正一下，增值税为查账征收的说法是不妥的，查账征收是所得税的一种征收方式。
小规模商业企业的增值税是按照开发金额来征收的，如代开的话一般税款是预缴的。（因为小规模纳税人是不享受增值税进项抵扣的）
所得税如为查账征收方式，其计提的依据为你的利润。再乘以相应的税率25％来进行缴税。具体申报的时候怎么填列报表上都有说明。
如为核定征收，即以你的收入为依据，再乘以税务相关核定的税率（一般来讲商业为5％）再乘以25％来进行纳税。具体申报的时候怎么填列报表上都有说明。

通俗的说，查账征收就是按你实际发生的业务额来做为征税的依据，而核定征收是按税务机关给你核定的固定的额度来做为征税的依据。
二者在申报时是分别填列在两张表上的，是没有冲突的。
具体填报时，增值税部分就按你账面实际确认的收入额填列计算，依据也就是你账簿中确认的实际收入。而所得税的计税依据就是税务机关给你核定的那个核定额。

小规模纳税人，从2009年1月1日起调整为3%。