同一城市的不在同一个区的分公司税款如何缴纳

独立核算的分公司同总公司一样，需要单独登记，单独申报。
非独立核算的分公司，也要登记，但可以申请和总公司合并申报。

汇总缴纳只有所得税才可以办理，但非独立核算的分公司不适用此条。

一般是由总公司汇总缴纳。