《新标日》是按照这样的顺序来学习的吗？

基本上这样的顺序是对的。
五十音图是基础，必须先学这个。
至于音调变化呢，这部分我觉得是比较难的，初学者也只能简单掌握吧，最主要的还是靠以后学习单词和课文时多听多练。当你掌握一定词汇量了，有机会最好多多跟日本人交谈，在交谈的过程中去掌握最标准的音调，也就是锻炼语感，有了一定的语感，即便你碰到一个从来没见过的单词，你也能很自然的读出音调了。也可以看看日剧什么的。
学课文的时候呢，一般是先学单词，再学句型，然后学课文，
很多老师要求学生背课文，我个人认为，单词和句型一定要掌握，至于课文呢，熟读就可以，单词和句型都记住了，课文就会很容易理解。知道怎么用就行，实际上在口语中，同样意思的一句话会有很多种表达方式，书上写的自然是最标准的，但也不至于非要死记硬背下来。

外来语音调那部分不用重点学的。基本上跟英语的音调一致。

起步学日语，无论哪个教材，都得先把50音熟练掌握。之后就是开始学课文，学课文的话咱们国家一直都是这样教育的：课前预习，也就是把单词背下来，课文读读，理解个大概意思。但是现在还有一种说法就是单纯的背单词效果不太好，不如直接读课文，不用先理解意思，这样在课文里边学单词。后者属于逆向思维了。呵呵 你看看用哪个发放哪个方法学了。50音图的学习我给你个链接，你跟着学，有读音写法和解释。http://bbs.ribenyu.net/thread-2090-1-1.html 你看看吧 希望早日成为达人啊 呵呵

恩 ，先最好把五十音图掌握，单挑一个要能读、写。然后就可以学习课文了。在学习课文过程中巩固五十音图，慢慢掌握语调。学课文先从单词开始。然后语法。再是课文，最后练习。