去学校拿档案，要做什么书面上的协议吗？

不需要。学校有义务向学生提供此服务。但你应该在规定的档案管理期限内去取，超过了学校可能会将你的档案转走了（要么你的老家，要么人才交流中心）。
你取档案应该有手续：一般地严格地说，你应该有了接收单位，持接收单位函件（如果它有人事档案管理权的话）或持主管你那个接收单位的、有人事档案管理权的上级部门的函件，到学校去取。不过，实际中有些学校要求不太严格，所以也同意你取。当然，你肯定得在档案转移登记薄上签字或写个收条给学校。

书面申请就行了