我是09年6月左右可以拿到专科文凭,我想问一下我想自考的话在南京哪里可以报名?

你好！社会大自考的报名因各地有所不同，具体你得找到所在的高等教育自学考试管理办公室就你的问题进行详细的咨询就行。
独立本科段是专门针对已取得专科毕业证的考生而言的。

你应该报独立本科。
你到南京自考办具体询问下，是在太平南路388号。