非上海户口，档案可否在上海的人才中心进行人事代理？

应该是不行的！如果你是上海户口还行，非上海户口又要在上海人才中心存档就必须在上海有工作单位，那着新单位的同意接受证明或者相关协议合同，到人才中心开商调函，然后存档。
你的情况一，没有新的单位，无法存档。
二、你说你辞职考研！希望你档案里没有辞职相关的东西！如果档案里有辞职的东西，那你也不能在人才中心存档（即使有新单位）！因为辞职了，就不是干部身份，而是工人身份，就得回原籍办招工了！合理说法是：解除合同！解除合同能保留干部身份！
也就是说，你要解除合同并在上海有新的工作单位，那你就可以在人才中心存档了！